Počátek výuky vědeckých disciplín, které jsou základem pedagogické i vědecko-výzkumné činnosti ústavů naší fakulty, se datuje do školního roku 1884/85, kdy na Pražském polytechnickém institutu začal Prof. František Štolba výuku jedné z nejstarších chemicko-technologických disciplín, Technologii paliv, svítiv a vody. Další rozvoj oborů pokračoval od roku 1910 po příchodu asistenta a pozdějšího profesora Ferdinanda Schulze, prvního specializovaného učitele pro tyto obory. Ten také inicioval vznik autorizovaného Ústavu pro technologii paliv, svítiv a vody. V roce 1920, po svém jmenování profesorem, založil tento ústav na nově vzniklé Vysoké škole chemicko-technologického inženýrství (VŠCHTI), která byla jednou ze sedmi fakult sdružených v rámci Českého vysokého učení technického. Později ústav rozdělil na dva, na Ústav technologie paliv a svítiv a Ústav technologie vody, a oba vedl až do své smrti v roce 1939. Oba ústavy se staly základem Fakulty technologie paliv a vody vzniklé 1. 9. 1953, rok po ustavení samostatné VŠCHTI, která byla v roce 1953 přejmenována na dnešní Vysokou školu chemicko-technologickou v Praze (VŠCHT).
Od poloviny osmdesátých let se začala fakulta výrazněji orientovat na problematiku ochrany životního prostředí, pro což měla dobré předpoklady, s ohledem na existenci dvou ústavů zabývajících se problematikou technologie vody a prostředí a problematikou ochrany ovzduší. Také chemické a energetické zpracování paliv, jeden ze studijních oborů fakulty, významně ovlivňuje životní prostředí a to jak svojí technickou úrovní, tak i kvalitou vyráběných produktů zpracování paliv, především motorových paliv a paliv pro energetiku. Další pracoviště fakulty, Laboratoř syntetických paliv, se přeorientovalo na problematiku průmyslových a komunálních odpadů a bylo přejmenováno na Ústav chemie ochrany prostředí.
Od 1. 7. 1991 byla fakulta přejmenována na dnešní Fakultu technologie ochrany prostředí. K dosavadním studijním oborům - Technologii vody a Chemickému a energetickému zpracování paliv přibyl nový studijní obor - Technologie ochrany prostředí. Specifickým rysem fakulty bylo, že jako jediná v České republice vyučovala studijní obory Technologie vody a Chemické a energetické zpracování paliv ve studijních zaměřeních Technologie ropy a petrochemie, Plynárenství, koksochemie a ochrana ovzduší a Energetika. Tak bylo na fakultě možné studovat magisterský studijní program Chemie a technologie ochrany životního prostředí v oborech Technologie vody a Technologie ochrany prostředí. Druhým studijním programem bylaChemie a technologie paliv a prostředí, ve kterém bylo možno studovat obor Chemické a energetické zpracování paliv se zaměřením na Technologii ropy a petrochemii, Plynárenství, koksochemii a ochranu ovzduší nebo Energetiku. V současné době se na fakultě vyučuje studijní program Chemie a technologie ochrany životního prostředí ve studijních oborech Technologie vody a Chemie a technologie ochrany životního prostředí a v oboru Chemie a technologie paliv a prostředí studijní program Chemické a energetické zpracování paliv se zaměřením na Technologii ropy a petrochemii, Plynárenství, koksochemii a ochranu ovzduší nebo Energetiku.
Uvedeným studijním programům a zaměřením odpovídá i současná skladba fakulty, kterou tvoří šest ústavů: